Gammelt træ med sprækker, hvor flagermus kan sove om dagen (foto: Annebeth Hoffmann).

I undersøgelsesområderne på Lolland og Femern er der som led i kortlægningsarbejdet registreret seks arter. Der findes i alt 17 flagermusarter i Danmark og 24 i Tyskland.

Alle arter har artsspecifikke krav til deres levesteder. Nogle flyver højt og i åbne landskaber, mens andre gerne jager lavt over skovenge, skovveje og lysninger, i tæt vegetation eller over søer og vandhullers vandoverflade. Andre arter igen er bundet til menneskers boligområder og ses f.eks. ofte omkring gadelygter, hvor de æder insekter, der tiltrækkes af lyset. Ofte følger jagende flagermus på vej mellem raste- og fourageringsområder ledelinjer i landskabet som f.eks. bække, floder og levende hegn.

Flagermus opholder sig i sommer- og vinterrasteområder. For at beskytte sig mod ugunstige vejrforhold og fjender eller vedvarende forstyrrelser leder de efter muligheder for ly. Vinterrasteområderne benytter de til vintersøvnen, som varer fra oktober til april. Ideelle vinterrasteområder i de lavtliggende områder er f.eks. hulrum i træer med tykke vægge, dybe kældre i beboelsesejendomme, gamle bunkere eller hulrum i broer. I sommerrasteområderne opholder flagermusene sig for at jage, føde og opfostre ungerne samt for at parre sig. Om dagen trækker de sig tilbage i træer med sprækker og hulrum eller i bygninger som f.eks. kirketårne eller loftsrum.

På feltarbejde om natten
Fordi flagermus er aktive om natten, er biologerne også nødt til at kortlægge dem om natten. For at registrere og artsbestemme flagermusene optages deres ultralydsskrig med en speciel flagermusdetektor. Samtidig holder biologerne udkig efter flagermusene, da man både skal se og høre dem for at foretage en sikker artsbestemmelse.

Ud over de direkte observationer af flagermusene kortlægges de landskabsmæssige strukturer også.

Flagermus på Lolland og Femern
I undersøgelsesområdet på Lolland er der registreret fem arter af flagermus, og på Femern er der fundet tre. Lolland er generelt det område i Danmark, som har flest flagermusarter, mens Femern ligger under gennemsnittet for Tyskland.

Som typiske arter i fladlandsområder og arter, der ofte forekommer tæt på boligområder, er der fundet sydflagermus og brunflagermus i begge undersøgelsesområder, og på Femern har man også registreret pipistrelflagermus. På Femern er der slet ingen flagermusarter i skoven, mens en art som troldflagermus blev fundet i Byhave Skov på Lolland. Ud over troldflagermus er der registreret dværgflagermus og vandflagermus på Lolland. Vandflagermus er nemme at kende, fordi de ofte flyver lavt over vandoverfladen, mens de jager insekter.