Undersøgelserne skal bl.a. klarlægge, om en bro kan være til hindring for fugletræk og om der er risiko for negative påvirkninger af især beskyttede arter.

Altid klar med kikkerten
I forbindelse med VVM-redegørelsen for en fast forbindelse over Femern Bælt gennemføres der meget omfattende undersøgelser. Fra fire stationer gennemføres der visuelle observationer, hvor trækfuglenes art, trækretning og flyvehøjde registreres. På øerne Femern og Lolland foretages disse observationer i området omkring de planlagte landanlæg til en fast forbindelse. Desuden registreres trækfugle også fra skibet ved to stationer i Femern Bælt. Undersøgelserne gennemføres af specialuddannede observatører, der kender samtlige europæiske fuglearter og deres træklyde.

Følges af radaren døgnet rundt
Trækfugle flyver også om natten og i højder, hvor fuglene ikke kan ses med det blotte øje eller kikkerten. Flyvende fugle kan dog også opfanges ved hjælp af radarudstyr. Derfor er der siden 2009 foretaget kontinuerlig radarovervågning af Femern Bælt fra de to land- og de to skibsstationer. På den måde kan fugletrækket registreres døgnet rundt.

For også at kunne registrere fuglenes trækhøjde anvendes der ved fem stationer ekstra lodret opstillet radarudstyr, der sender radarstrålerne vertikalt op i luften. Med dette udstyr kan fugletrækket følges i en højde på op til 1,5 km. I forbindelse med undersøgelserne af forbindelsen over Femern Bælt anvendes der også en radar med snævert strålebundt fra gamle schweiziske militærlagre. Dette udstyr afsøger ved hjælp af en fokuseret radarstråle himlen for objekter, der bevæger sig. Så snart et sådant (dvs. en fugl eller en flok) er fundet, følges målet automatisk, indtil det er uden for rækkevidde. Som resultat vises trækretningen, trækhøjden og flyvehastigheden.

I to kilometers højde over Femern Bælt
Landfugle, der så vidt muligt undgår at krydse åbne farvande, foretrækker Femern Bælt som trækrute, fordi det er den korteste forbindelse mellem det europæiske fastland og Skandinavien (den såkaldte "fugleflugtslinje"). En stor del af den skandinaviske ynglebestand flyver hen over Femern og Lolland to gange om året.

Hvordan landfugle, der flyver om dagen, reagerer på den nødvendige krydsning af et havområde, fremgår af radarundersøgelserne. Særligt mindre fugle flyver op i store flyvehøjder, så snart de forlader kysten. Med radaren kunne man følge, hvordan en flok mindre fugle fløj op i en højde på op til 2 km, efter at de havde forladt Lollands kyst, som om de skulle overstige et usynligt bjerg. Fuglene gør det formodentlig for at orientere sig og finde den korteste forbindelse til næste landingsplads.

Rovfugle udnytter opvarmet luft, der stiger opad, og kommer således op i højden, mens de kredser over land, hvorefter de krydser en stor del af Femern Bælt svævende.

En bro i Femern Bælt udgør ikke en barriere for landfuglene. En eventuel kollisionsrisiko skal dog vurderes og evalueres.

Vandfugle
Vandfugle opfører sig anderledes. De foretrækker at flyve over vand og undgå at krydse landområder. For disse arter kan en bro udgøre en barriere. Selv om fuglene er i stand til at krydse landområder som f.eks. Schleswig-Holstein på deres træk til Vadehavet eller det sydsvenske landområde omkring Skåne på deres træk til yngleområderne, kan en bro være en hindring for trækket. I hvilket omfang, det er tilfældet, undersøges i øjeblikket ved eksisterende broer i Storebælt, Øresund, Fårøsund og Kalmarsund.