De fleste vandområder i undersøgelsesområdet er ikke opstået naturligt. Vandløb er til dels blevet udrettet eller gravet ned for at kunne lede vand mere effektivt bort. Det har nedsat deres biologiske værdi betydeligt. Selve vandløbene og især de udyrkede bræmmer omkring dem fungerer dog stadig som vigtige spredningskorridorer for dyr og planter.

Lysforholdene er afgørende for søers biologiske betydning. Kun hvis der når tilstrækkeligt lys ned på vandområdernes bund, kan der vokse planter her. De bedste betingelser findes i lavvandede søer, der ikke er omkranset af skyggende træer, og hvis vandkvalitet kun belastes lidt af næringsstoffer, således at der kun kan dannes få alger. Når disse betingelser er opfyldt, er søer værdifulde levesteder for padder og guldsmede, som har behov for solbeskinnede vandflader, rent vand og undervandsvegetation.

Artslister og værdisætning
Alle søer og vandløb inden for undersøgelsesområderne på Lolland og Femern er undersøgt og kortlagt af biologer. På baggrund af undersøgelsesresultaterne har biologerne udarbejdet artslister og værdisat vandområderne. Værdisætningen afhænger bl.a. af de dyr og planter, der er i vandområdet. For søer har tilførslen af næringsstoffer og undervandsvegetationen også betydning. Desuden spiller det en rolle, om et vandområde ligger isoleret, og om det er egnet som levested for padder. I værdisætningen af vandløb indgår parametre som f.eks. vandområdets bredde og dybde samt strømningshastigheden.

Bag de høje tagrør skimtes et smalt vandløb. Sådanne vandområder er hyppige på både Lolland og Femern, for mange landbrugsarealer afvandes via grøfter af denne art (foto: Susan Helena Boëtius).

Blåbåndet pragtvandnymfe trives i vandløb. Disse skal dog have en ret god vandkvalitet og rigeligt med undervandsplanter. Selv om de fleste af vandløbene i undersøgelsesområderne ikke opfylder disse krav, er denne guldsmedeart fundet på både Lolland og Femern. Det er dog usikkert, om der reelt findes en bestand af arten på Lolland, for der blev blot fundet to enkeltindivider på to forskellige lokaliteter, som ikke engang er typiske levesteder (foto: Jan Fischer Rasmussen).

Gamle mergelgrave blev til mindre vandområder
Både på Lolland og Femern findes et stort antal små mergelgrave, som ligger isoleret på landbrugsarealerne. Disse mindre vandområder er ofte tilgroede og har som regel en dårlig vandkvalitet. I enkelte er der dog klart vand og udbredt undervandsvegetation - f.eks. vandranunkel, forskellige arter af vandaks og kransnålalger. På Lolland er der desuden kunstige søer. De er opstået i de områder, hvorfra man udgravede materiale til kystdiget i 1870'erne. Disse gamle digegrave er omgivet af tagrør og har et særligt righoldigt fugleliv. På Femern er der øst for Presen en lignende udgravning til opførelsen af diget.

Samlet set er der kun få vandløb på Lolland og Femern af stor naturbeskyttelsesmæssig betydning. Størstedelen er snorlige grøfter, der anvendes til afvanding af tilgrænsende landbrugsarealer. På Femern er enkelte af vandløbene levested for forskellige arter af guldsmede, f.eks. blåbåndet pragtvandnymfe.