Specielt under selve byggeriet kan det ikke undgås,
at aktiviteterne kortvarigt påvirker lysforholdene i havet. Sand, grus og mudder hvirvles op fra bunden eller spildes under arbejdet og skygger for planterne i vandet og på bunden. Mere permanente følger af en fast forbindelse kan være tab af voksesteder, ændrede næringsforhold, ændrede bundforhold og forandringer i strømforholdene.

Planter er grundlaget for økosystemet
I Femern Bælt findes planktonalgerne nogle somre i stort antal, nemlig når blågrønalgerne danner masse-opblomstring. På havbunden lever planter som ålegræs og tangplanter nogle steder i tætte enge, der er uundværlige levesteder, opvækstområder og fødekilder for smådyr, fisk og fugle. 

Havets planter er grundlaget for havets fødenet, og ændringer i planternes antal og udbredelse kan forringe levevilkårene for dyrelivet. Med den viden vi har fra andre infrastrukturprojekter, er der ingen grund til at forvente store forandringer som følge af den faste 

forbindelse, selvom udsatte plantearter og plante-grupper kan påvirkes i kortere eller længere perioder.

En forringelse af lysforholdene i Femern Bælt kan for eksempel ændre udbredelsen af ålegræs og tangplanter. Plantearter, der kan leve med kun lidt lys, kan således blive favoriserede på bekostning af mere lyskrævende arter. Og udbredelsen af bevoksede områder kan blive begrænset til lavere vand, hvor skyggeeffekten er mindre udtalt.

Computermodeller hjælper miljøvurderingen
Havplanternes artsrigdom og udbredelse er centrale emner for miljøvurderingen af den faste forbindelse. Derfor gennemføres der intensive undersøgelser af den nuværende tilstand ligesom miljøeffekterne af forskellige udformninger af den faste forbindelse og af forskellige arbejdsmetoder bliver grundigt analyseret. For eksempel bliver påvirkninger fra gravearbejdet og sedimentspildet simuleret med avancerede matematiske computermodeller.