Sedimentspild kan påvirke plante- og dyrelivet og genere badende ved de omkringliggende strande. Derfor er det en central opgave i design og planlægning af den faste forbindelse, at der findes løsninger til at begrænse spild. Det gælder både byggemetoder, de maskiner der anvendes og de tidspunkter, hvor der vil forekomme spild. 

Badevand, dyr og planter
Sedimentspild giver flere gener for planter og dyr. Den synlige effekt er, at vandet bliver uklart og grumset på grund af sedimentpartikler. Partiklerne skygger for havplanterne, så de får mindre lys til at vokse. Partiklerne kan også frigive næringssalte og miljøskadelige stoffer, mens de er i vandet. Følgen kan være ændringer i artsrigdommen og i balancerne mellem algeplankton og bundvegetation og mellem de bundlevende planter indbyrdes. Hvis det uklare vand ender inde ved badestrandene, bliver det også mindre tiltrækkende at springe i bølgerne, men det er ikke skadeligt for badegæsterne.

Når sedimentet falder til bunds igen, dækker det planter og dyr på havbunden til. Især unge planter og dyr samt fiskeæg er udsatte. Derfor har det også stor betydning, hvornår på året der spildes sediment.

Computermodeller beskriver sedimentets veje
For at opnå en præcis beskrivelse af sedimentspild og bundfældning anvendes  computermodeller, der kan beregne, hvor det spildte sediment føres hen, hvor store koncentrationerne i vandet er, og hvor meget der falder til bunds.

I modellerne har eksperterne indbygget deres viden om havbund, havvand og strømforhold. Modellerne bygger delvist på data fra tidligere undersøgelser, men der gennemføres også nye omfattende undersøgelser af havbunden og vandets dynamik i Femern Bælt og de omgivende havområder. Resultaterne fra modelleringerne bruges både til at planlægge design og anlægsarbejde bedst muligt og til at vurdere, hvordan planter og dyr påvirkes.