Smådyr som havbørsteorme, muslinger og krebsdyr huserer på bunden blandt fødesøgende fisk og smukke søanemoner. Marsvin fouragerer i bæltet, og på sandbankerne yngler og hviler sælerne. Sammen udgør alle disse dyr en kompleks fødekæde, hvor alle led har betydning for opretholdelsen af et sundt og rigt dyreliv.

Mere støj, lys, ophvirvling af bundmateriale samt ændrede strøm- og bundforhold kan blive følger af projektet og betyde, at nogle levesteder bliver mindre attraktive for dyrelivet eller helt forsvinder. Miljø-vurderingen skal afklare, i hvor høj grad projektet forandrer dyrelivet.

Blåmuslinger følges nøje
Blåmuslinger er en af de vigtige dyregrupper i Femern Bælt. Blåmuslinger lever af plankton, som de filtrerer ud af vandet, og det er med til at holde vandet klart. Samtidig er muslingerne selv et uundværligt fødeemne for fugle som edderfugle og sortænder.

Som baggrund for miljøvurderingen kortlægger vi forekomsten og mængden af blåmuslinger og beregner, hvor meget føde der er til fugle og andre 

dyr. Til disse beregninger benytter vi både statistiske analyser og computermodeller. Brugen af modeller giver os viden om muslingerne i hele området og ikke kun på vores prøvetagningsstationer. Modellerne gør det også meget lettere at sammenligne effekten af forskellige udformninger af den faste forbindelse.

De sky havpattedyr
Havpattedyr er en anden vigtig dyregruppe. Mange havpattedyr er særdeles sky og forstyrres let. Arbejdet med at bygge en bro eller tunnel kan derfor påvirke marsvin og sæler.  Når den faste forbindelse tages i brug, kan støj og lys i værste fald fortrænge dyrene fra deres opholdsområder, ligesom en bro alene ved sin tilstedeværelse kan ændre deres fødesøgnings-mønstre.

For at kunne vurdere denne risiko skal biologerne vide, hvor marsvinene og sælerne opholder sig, og hvor de finder deres føde og føder deres unger i dag. Det undersøger Femern A/S ved jævnligt at observere dyrene fra skibe og fly. Derudover er der placeret bøjer i Femern Bælt og Storebælt, som døgnet rundt optager lyde, der fortæller om havpattedyrenes færden.