For spættet sæl byder Femern Bælt på flere populære yngle- og rastepladser, bl.a. sandbankerne i Rødsand bugt syd for Lolland, cirka 25-30 km øst for linjeføringen til den kommende faste forbindelse. Mindre brugte yngle- og rastepladser er Vitten og Skrollen ved Rødsand.

Rødsand er den eneste lokalitet i Danmark, hvor man regelmæssigt kan se gråsæler. Det er også stedet, hvor man for nylig kunne iagttage de første gråsæler yngle for første gang siden det tidlige 20 århundrede. Derfor anses det for den mest sandsynlige lokalitet, hvor bestanden kan genetableres.

Sælerne ved Rødsand er meget sky overfor mennesker, fordi nogle fiskere har tilladelse til at skyde dem, hvis de kommer for tæt på deres net. Derfor kræver det særlig snilde af marinebiologerne, når de skal fange sæler. Som en del af miljøundersøgelserne er der fremstillet et specielt net. Nettet ligger på havbunden når sælerne nærmer sig yngle- og rastepladsen, og kan derefter hæves til vandoverfladen ved hjælp af fjernstyring når dyrene svømmer inden for nettets omkreds (foto: Rune Dietz).

 Undersøgelser fra luften
Både spættet sæl og gråsæl er sky dyr. Det betyder, at støj og lys fra anlægsarbejdet og fra driften af den faste forbindelse potentielt kan have en effekt på dyrelivet i nærheden. For at kunne vurdere udbredelsen af denne påvirkning er marinebiologer ved at studere antallet, udbredelsen og leveområderne for sælerne i Femern Bælt og de nærliggende farvande.  

Cirka en gang om måneden bliver der foretaget undersøgelser fra luften. Fra flyet bliver sælerne på yngle- og rastepladserne talt og fotograferet for at fastslå deres nøjagtige antal og størrelsen på ungerne om foråret.

GPS sensorer på individuelle dyr
I foråret 2009 blev fire spættede sæler og to gråsæler fanget med særlige net i Rødsand bugten, og udstyret med GPS-sensorer. GPS-sensorerne registrerer dyrets position, dybden de dykker ned til når de æder, og en række andre parametre. Denne metode gør det muligt at foretage en meget detaljeret analyse af dyrenes opførsel og leveområder.

Som en del af miljøundersøgelserne bliver sælernes sundhedstilstand også studeret. Prøver af deres ekskrementer bliver indsamlet på yngle- og rastepladserne ved Rødsand for at blive studeret yderligere i laboratoriet. Resultatet er et nyttigt værktøj når man skal vurdere sælernes sundhedstilstand i Femern Bælt-området.